ผลลัพธ์ DESeq2 - การ Shrinkage ค่า LFC

หมายเหตุ: แบบฝึกหัดนี้อาจใช้เวลาโหลดนานกว่าปกติเล็กน้อย

เพื่อปรับปรุงค่าประมาณ fold change ของข้อมูล เราจะนำผลลัพธ์ที่ได้มาทำการ shrink ค่า log2 fold change โดยใช้ฟังก์ชัน lfcShrink()

สมมติว่าขั้นตอนก่อนหน้าทั้งหมดดำเนินการเสร็จเรียบร้อยแล้ว ได้แก่ การสร้าง DESeq2 object dds_smoc2 การรันฟังก์ชัน DESeq() และการดึงผลลัพธ์ smoc2_res

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

ทำการ shrinkage ค่า log2 fold change โดยใช้ฟังก์ชัน lfcShrink()

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___, 
                    contrast =  c(___, ___, ___),
                    res = ___)

แก้ไขและรันโค้ด