สรุปผลลัพธ์ DESeq2
หมายเหตุ: แบบฝึกหัดนี้อาจใช้เวลาโหลดนานกว่าปกติเล็กน้อย
เมื่อดึงผลลัพธ์ออกมาแล้ว เราสามารถดูภาพรวมของจำนวนยีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกัน (differentially expressed genes) ในระดับ alpha ที่กำหนดได้ โดยใช้ฟังก์ชัน summary() ซึ่งจะแสดงจำนวนและเปอร์เซ็นต์ของยีนที่ถูก up-regulated และ down-regulated รวมถึงข้อมูลเกี่ยวกับ independent filtering และ outliers ที่ถูกตัดออก
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
- ตรวจสอบจำนวนยีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกันในผลลัพธ์
smoc2_resโดยใช้ฟังก์ชันsummary()ของDESeq2
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Get an overview of the results
___