DESeq2 model - การดึงผลลัพธ์

หมายเหตุ: แบบฝึกหัดนี้อาจใช้เวลาโหลดนานกว่าปกติเล็กน้อย

หลังจากตรวจสอบค่า dispersion และมั่นใจแล้วว่าข้อมูลเหมาะสมกับโมเดล DESeq2 ขั้นตอนต่อไปคือการดึงผลลัพธ์ออกมา

สมมติว่าดำเนินการขั้นตอนก่อนหน้าทั้งหมดเรียบร้อยแล้ว ได้แก่ การสร้างออบเจกต์ DESeq2 ชื่อ dds_smoc2 และการรันฟังก์ชัน DESeq()

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

ใช้ฟังก์ชัน results() เพื่อกำหนด contrast สำหรับการเปรียบเทียบ โดยใช้ค่า alpha เท่ากับ 0.05 สำหรับตัวแปรเงื่อนไข condition ให้แสดงผลลัพธ์ของกลุ่มตัวอย่าง fibrosis เทียบกับกลุ่ม normal โดยกำหนดให้กลุ่ม normal เป็น base level

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)