การสำรวจผลลัพธ์ DESeq2

หมายเหตุ: แบบฝึกหัดนี้อาจใช้เวลาโหลดนานกว่าปกติเล็กน้อย

เพื่อลดจำนวนยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน (DE genes) ที่ได้รับ และเพิ่มโอกาสที่ยีนเหล่านั้นจะมีความหมายทางชีววิทยา เราจะใช้ค่า log2 fold change threshold เล็กน้อยในการกำหนด DE genes

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

ดึงผลลัพธ์ smoc2 โดยใช้ฟังก์ชัน results() เช่นเดียวกับก่อนหน้า โดยกำหนด alpha เป็น 0.05 และใช้ normal เป็น base level ของ condition แต่คราวนี้ให้ระบุ log2 fold change threshold เป็น 0.32 สมมติว่าขั้นตอนก่อนหน้าทั้งหมดได้ดำเนินการแล้ว รวมถึงการสร้าง DESeq2 object dds_smoc2 และการรันฟังก์ชัน DESeq()
ทำการ shrinkage ของค่า log2 fold change โดยใช้ฟังก์ชัน lfcShrink()

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Explore the results() function
?results

# Extract results
smoc2_res <- ___(___, 
                contrast = ___, 
                alpha = ___, 
                lfcThreshold = ___)

# Shrink the log2 fold changes
smoc2_res <- ___(___, 
                    ___, 
                    res = ___)

แก้ไขและรันโค้ด