เริ่มต้นใช้งานเริ่มต้นใช้งานได้ฟรี

การ Normalize Counts ด้วย DESeq2

เราสร้าง DESeq2 object เรียบร้อยแล้ว และขั้นตอนต่อไปคือการตรวจสอบคุณภาพของตัวอย่าง จึงจำเป็นต้องสร้าง normalized counts (ซึ่ง normalize ตามขนาดของไลบรารี หรือก็คือจำนวน counts ทั้งหมดของแต่ละตัวอย่าง พร้อมทั้งคำนึงถึงองค์ประกอบของไลบรารีด้วย) ให้ใช้ DESeq2 object เพื่อสร้าง normalized counts matrix

แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร

RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R

ดูคอร์ส

คำแนะนำการฝึกหัด

  • ประมาณค่า size factors สำหรับข้อมูล counts ของ smoc2 โดยใช้ฟังก์ชัน estimateSizeFactors() แล้วบันทึกกลับไปยัง object dds_smoc2

  • ดึงค่า normalized counts จาก dds_smoc2 แล้วบันทึกเป็น smoc2_normalized_counts โดยใช้ฟังก์ชัน counts()

แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ

ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์

# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)

# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)
แก้ไขและรันโค้ด