การจัดเรียงรีด (Read Alignments)
ในขั้นตอนการวิเคราะห์ RNA-Seq เราจะรับไฟล์ FASTQ ดิบจากศูนย์หาลำดับเบส จากนั้นประเมินคุณภาพของรีดในแต่ละตัวอย่าง แล้วระบุตำแหน่งบนจีโนมที่รีดแต่ละรีดมาจากโดยการจัดเรียง (alignment) ข้อมูลตำแหน่งการจัดเรียงนี้จะถูกนำมาสร้างเมทริกซ์การนับ (count matrix) ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของการวิเคราะห์การแสดงออกเชิงอนุพันธ์ คำถามคือ สิ่งใดถูกนำมาวัดปริมาณเพื่อสร้างเมทริกซ์การนับนี้?
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำจริง
เปลี่ยนทฤษฎีให้เป็นการลงมือทำด้วยแบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบหนึ่งในของเรา
เริ่มแบบฝึกหัด