การวิเคราะห์ DE ด้วย RNA-Seq - การวางแผนการทดลอง
กุญแจสำคัญสู่ความสำเร็จในการวิเคราะห์ differential expression ด้วย RNA-Seq คือการวางแผนการทดลองที่ดี เพื่อช่วยหลีกเลี่ยง batch effects และแยกแหล่งของความแปรปรวนที่รู้จักออกจากกันระหว่างกลุ่มตัวอย่าง เราจะเลือกวิธีการจัดกลุ่ม batch ของตัวอย่างที่เหมาะสมที่สุดสำหรับการทดลอง RNA-Seq ที่วางแผนไว้
ข้อมูล metadata ของเราประกอบด้วยข้อมูลเกี่ยวกับตัวอย่าง ได้แก่:
- sample: ชื่อตัวอย่าง
- treatment: A หรือ B
- sex: M หรือ F
- replicate: 1, 2, 3, 4
เนื่องจากกระบวนการสกัดเนื้อเยื่อใช้เวลานาน จึงสามารถแยก RNA ได้ครั้งละ 4 ตัวอย่างเท่านั้น และมี biological replicate 4 ตัวต่อกลุ่ม ตัวเลือกใดต่อไปนี้เป็นวิธีการจัดกลุ่ม batch ที่ดีที่สุดสำหรับ RNA Isolation เพื่อหลีกเลี่ยง batch effects:
- ตัวเลือก A:
- ตัวเลือก B:
- ตัวเลือก C:
- ตัวเลือก D:
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำจริง
เปลี่ยนทฤษฎีให้เป็นการลงมือทำด้วยแบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบหนึ่งในของเรา
เริ่มแบบฝึกหัด