ฝึกใช้งาน DESeq2 Vignette

ในวิดีโอ เราสำรวจความแตกต่างของการแสดงออกของยีนระหว่างตัวอย่างปกติและตัวอย่างที่เป็นพังผืดในหนู wild-type ในแบบฝึกหัดชุดนี้ เราจะสำรวจความแตกต่างของการแสดงออกของยีนระหว่างตัวอย่างปกติและตัวอย่างที่เป็นพังผืดจากหนูที่มีการแสดงออกของยีน smoc2 มากเกินปกติ

เมื่อต้องทำ differential expression analysis ด้วยตนเอง DESeq2 vignette คือแหล่งอ้างอิงแรกที่ควรค้นหาคำตอบ ในแบบฝึกหัดนี้ ให้สำรวจ DESeq2 vignette แล้วเลือกคำตอบที่ดีที่สุดสำหรับคำถามต่อไปนี้:

ทำไมเราจึงใช้ counts ที่ยังไม่ผ่านการ normalizeเป็น input สำหรับ DESeq2?

หมายเหตุ: ยังไม่ผ่านการ normalize หมายความว่า counts ไม่ได้ถูกปรับตามขนาดของไลบรารี ซึ่งก็คือจำนวน reads ทั้งหมดที่นับได้ต่อตัวอย่าง