แพ็กเกจสำหรับ RNA-Seq
เราจะใช้ DESeq2 สำหรับการวิเคราะห์ differential expression และแพ็กเกจ R เพิ่มเติมสำหรับการจัดการข้อมูลและการสร้างกราฟ ก่อนจะรันการวิเคราะห์ใด ๆ ได้ ต้องโหลดแพ็กเกจต่อไปนี้ก่อน ได้แก่ DESeq2, RColorBrewer, pheatmap และ tidyverse
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
- ใช้
library()เพื่อนำเข้าแพ็กเกจDESeq2,RColorBrewer,pheatmapและtidyverse
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Load library for DESeq2
library(___)
# Load library for RColorBrewer
library(___)
# Load library for pheatmap
library(___)
# Load library for tidyverse
library(___)