ผลลัพธ์ที่มีนัยสำคัญจาก DESeq2
หมายเหตุ: แบบฝึกหัดนี้อาจใช้เวลาโหลดนานขึ้นเล็กน้อย
มาดึงผลลัพธ์ที่มีนัยสำคัญทางสถิติกัน โดยสมมติว่าได้ทำการดึงผลลัพธ์จากแบบฝึกหัดก่อนหน้าแล้ว ซึ่งเก็บไว้ในตัวแปร smoc2_res
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
บันทึกผลลัพธ์
smoc2_resเป็น data frame โดยใช้ฟังก์ชันdata.frame()กับ object ผลลัพธ์ดึงยีนที่มีนัยสำคัญทางสถิติโดยกรองเฉพาะค่า p-adjusted ที่น้อยกว่า 0.05 (ค่า alpha) โดยใช้ฟังก์ชัน
subset()
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Save results as a data frame
smoc2_res_all <- ___(___)
# Subset the results to only return the significant genes with p-adjusted values less than 0.05
smoc2_res_sig <- ___(___, ___ < ___)