การสร้าง DE object
หมายเหตุ: แบบฝึกหัดนี้อาจใช้เวลาโหลดนานกว่าปกติเล็กน้อย
โดยใช้ตัวอย่าง smoc2 overexpression ให้สร้าง DESeq2 object โดยกำหนดสูตรการออกแบบให้เปรียบเทียบความแตกต่างของการแสดงออกของยีนระหว่างตัวอย่าง fibrosis และ normal metadata ของการทดลองแสดงอยู่ด้านล่าง โดยข้อมูลถูกอ่านเข้ามาแล้วโดยให้ตัวอย่างอยู่ในลำดับเดียวกันทั้งใน raw counts ของ smoc2 ชื่อ reordered_smoc2_rawcounts และ metadata ชื่อ smoc2_metadata
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
RNA-Seq ด้วย Bioconductor ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
สร้าง DESeq2 object ชื่อ
dds_smoc2โดยใช้ฟังก์ชันDESeqDataSetFromMatrix()พร้อมระบุอาร์กิวเมนต์countData,colDataและdesignรันฟังก์ชัน
DESeq()เพื่อประมาณค่า size factors, คำนวณค่า dispersions และดำเนินการ model fitting และการทดสอบ
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
___ = ___,
___ = ~ condition)
# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)