Kom igångKom igång gratis

Flera kedjor

Spårplottar hjälper oss att bedöma kvaliteten på en Markovkedjesimulering. En "bra" Markovkedja uppvisar stabilitet när kedjelängden ökar samt konsistens mellan upprepade simuleringar, det vill säga flera kedjor. Du kommer att använda RJAGS för att köra och konstruera spårplottar för fyra parallella kedjor nedan. Den definierade sleep_model finns i din arbetsmiljö.

Den här övningen är en del av kursen

Bayesiansk modellering med RJAGS

Visa kurs

Övningsinstruktioner

  • Använd jags.model() för att KOMPILERA sleep_model och initialisera 4 parallella kedjor. Lagra utdata i ett jags-objekt med namnet sleep_jags_multi.

  • SIMULERA ett urval på 1 000 dragningar från posteriorimodellen för m och s. Lagra denna mcmc.list i sleep_sim_multi.

  • Titta på head() av sleep_sim_multi. Observera de 4 listobjekten som innehåller de 4 parallella kedjorna.

  • Använd plot() för att konstruera spårplottar för de flera kedjorna. Undertryck täthetspltotarna.

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# COMPILE the model
sleep_jags_multi <- jags.model(textConnection(sleep_model), data = list(Y = sleep_study$diff_3), ___)   

# SIMULATE the posterior    
sleep_sim_multi <- coda.samples(model = ___, variable.names = c("m", "s"), n.iter = ___)

# Check out the head of sleep_sim_multi


# Construct trace plots of the m and s chains
Redigera och kör kod