Kom igångKom igång gratis

Spårdiagram för Markovkedjor

Ett spårdiagram visualiserar en Markovkedjas longitudinella beteende. Konkret plottar ett spårdiagram för \(m\)-kedjan det observerade kedjans värde (y-axeln) mot motsvarande iterationsnummer (x-axeln).

Du ska konstruera spårdiagram för \(m\)-kedjan på två olika sätt: genom att använda den inbyggda funktionen plot() på mcmc.list-objektet sleep_sim, och – för finare kontroll över grafiken (samt finare kontroll över analyser i senare kapitel) – genom att använda ggplot() på data.frame-objektet sleep_chains. Både sleep_sim och sleep_chains finns i din arbetsyta:

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)

Den här övningen är en del av kursen

Bayesiansk modellering med RJAGS

Visa kurs

Övningsinstruktioner

  • Använd plot() på sleep_sim med density = FALSE för att konstruera spårdiagram för \(m\)- och \(s\)-kedjorna. OBS: De 10 000 inspelade Iterations startar efter en "inkörningstid" (burn-in) där urval kastas bort. Därför börjar inte Iterations-räkningen på 1!

  • Använd ggplot() med ett geom_line()-lager på sleep_chains för att återskapa spårdiagrammet för \(m\)-kedjan.

  • Zooma in: konstruera ett ggplot()-spårdiagram för de första 100 iterationerna av \(m\)-kedjan.

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Use plot() to construct trace plots of the m and s chains


# Use ggplot() to construct a trace plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___, y = ___)) + 
    geom_line()

# Trace plot the first 100 iterations of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___, y = ___)) + 
    geom_line()
Redigera och kör kod