Aan de slagGa gratis aan de slag

DGE-theorie: metadata

Gebruik de informatie hieronder om een metadata-dataframe te maken voor de fibrose-telgegevens met de naam metadata met kolommen genotype en condition. De samplenames (bijv. smoc2_fibrosis1, smoc2_fibrosis2, enz.) moeten de rijnamen van het dataframe zijn:

smoc2 metadata

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

RNA-Seq met Bioconductor in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

  • Maak een tekstreeksvector genotype voor de bovenstaande gegevens met c().
  • Maak een tekstreeksvector condition voor de bovenstaande gegevens met c().
  • Maak een dataframe smoc2_metadata met data.frame() en de tekstreeksvectoren genotype en condition.
  • Maak een vector met samplenames met c() en wijs die toe aan de rijnamen van het dataframe met rownames().

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Create genotype vector
genotype <- c(___)

# Create condition vector
condition <- c(___)

# Create data frame
smoc2_metadata <- data.frame(___, ___)

# Assign the row names of the data frame
rownames(smoc2_metadata) <- c(___)
Code bewerken en uitvoeren