DESeq2-significante resultaten
LET OP: Het kan iets langer duren om deze oefening te laden.
Laten we nu de significante resultaten extraheren! Ga ervan uit dat we de resultaten uit de vorige oefening al hebben opgehaald: smoc2_res.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
RNA-Seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
Sla de resultaten,
smoc2_res, op als een data frame door de functiedata.frame()toe te passen op het resultatenobject.Haal de significante genen op met p-gecorrigeerde waarden kleiner dan 0,05 (de alfa-waarde) met de functie
subset().
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Save results as a data frame
smoc2_res_all <- ___(___)
# Subset the results to only return the significant genes with p-adjusted values less than 0.05
smoc2_res_sig <- ___(___, ___ < ___)