or
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
In dit hoofdstuk verkennen we wat je met RNA-Seq-data kunt doen en waarom dat zo interessant is. We leren over de verschillende stappen en aandachtspunten in een RNA-Seq-workflow.
In dit hoofdstuk voeren we kwaliteitscontrole uit op de RNA-Seq-teldata met behulp van heatmaps en hoofcomponentenanalyse. We onderzoeken hoe sterk de monsters op elkaar lijken en bepalen of er uitschieters tussen de monsters zijn.
In dit hoofdstuk voeren we de differentiële expressie-analyse uit, genereren we resultaten en identificeren we de differentieel geëxprimeerde genen.
Huidige oefening
In dit laatste hoofdstuk verkennen we de resultaten van de differentiële expressie met visualisaties, zoals heatmaps en vulkaandiagrammen. We lopen ook de stappen in de analyse door en vatten de workflow voor differentiële expressie met DESeq2 samen.