Counts normaliseren met DESeq2

We hebben het DESeq2-object aangemaakt en willen nu kwaliteitscontrole uitvoeren op onze monsters. Daarvoor moeten we de genormaliseerde counts genereren (genormaliseerd voor bibliotheekgrootte — het totale aantal gen-tellingen per monster — met inachtneming van de bibliotheeksamenstelling). Gebruik het DESeq2-object om de genormaliseerde count-matrix te verkrijgen.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

RNA-Seq met Bioconductor in R

Bekijk cursus

Oefeninstructies

Schat de size factors voor de smoc2-countdata met de functie estimateSizeFactors() en sla ze terug op in het object dds_smoc2
Extraheer de genormaliseerde countwaarden uit dds_smoc2 en sla ze op als smoc2_normalized_counts met de functie counts().

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)

# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)

Code bewerken en uitvoeren