Oefenen met de DESeq2-vignette

In de video's onderzoeken we genexpressieverschillen tussen de normale en fibrosemonsters van wildtype muizen. In deze oefeningen bekijken we genexpressie tussen de normale en fibrosemonsters van muizen die het gen smoc2 over-exprimeren.

Als je zelf differentiële-expressieanalyses uitvoert, is de DESeq2-vignette de eerste plek om antwoorden op je vragen te zoeken. Verken in deze oefening de DESeq2-vignette en gebruik die om hieronder het beste antwoord te kiezen op de vraag:

Waarom gebruiken we ongenormaliseerde tellingen als input voor DESeq2?

LET OP: Ongenormaliseerd betekent dat de tellingen niet zijn aangepast voor de bibliotheekgrootte, oftewel het totale aantal reads dat per monster is geteld.