DESeq2-model - resultaten ophalen
LET OP: Het kan iets langer duren om deze oefening te laden.
Na het verkennen van de dispersies en de conclusie dat de data goed past bij het DESeq2-model, willen we de resultaten ophalen.
Ga ervan uit dat alle eerdere stappen zijn uitgevoerd, inclusief het aanmaken van het DESeq2-object, dds_smoc2, en het draaien van de functie DESeq().
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
RNA-Seq met Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Gebruik de functie
results()om het contrast voor de vergelijking te specificeren met een alpha van0.05. Voor de conditie van interesse,condition, geef je de resultaten voor de samplegroepfibrosisten opzichte van de samplegroepnormal, zodat de samplegroepnormalhet basisniveau is.
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___,
___ = ___,
alpha = ___)