Aan de slagBegin gratis

DESeq2-model - resultaten ophalen

LET OP: Het kan iets langer duren om deze oefening te laden.

Na het verkennen van de dispersies en de conclusie dat de data goed past bij het DESeq2-model, willen we de resultaten ophalen.

Ga ervan uit dat alle eerdere stappen zijn uitgevoerd, inclusief het aanmaken van het DESeq2-object, dds_smoc2, en het draaien van de functie DESeq().

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

RNA-Seq met Bioconductor in R

Bekijk cursus

Oefeninstructies

  • Gebruik de functie results() om het contrast voor de vergelijking te specificeren met een alpha van 0.05. Voor de conditie van interesse, condition, geef je de resultaten voor de samplegroep fibrosis ten opzichte van de samplegroep normal, zodat de samplegroep normal het basisniveau is.

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)
Code bewerken en uitvoeren