DESeq2-resultaten verkennen

LET OP: Het kan iets langer duren om deze oefening te laden.

Om het aantal DE-genen dat we terugkrijgen te verkleinen en om de kans te verkleinen dat de DE-genen biologisch betekenisvol zijn, gaan we een kleine log2 fold change-drempel gebruiken om de DE-genen te bepalen.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

RNA-Seq met Bioconductor in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Haal de smoc2-resultaten op met de functie results(), net als eerder, met een alpha van 0.05 en met normal als basisniveau van condition. Gebruik deze keer echter een log2 fold change-drempel van 0.32. Ga ervan uit dat alle eerdere stappen zijn uitgevoerd, inclusief het aanmaken van het DESeq2-object dds_smoc2 en het draaien van de functie DESeq().
Voer shrinkage van de log2 fold changes uit met de functie lfcShrink().

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Explore the results() function
?results

# Extract results
smoc2_res <- ___(___, 
                contrast = ___, 
                alpha = ___, 
                lfcThreshold = ___)

# Shrink the log2 fold changes
smoc2_res <- ___(___, 
                    ___, 
                    res = ___)

Code bewerken en uitvoeren