Normalizzare i conteggi con DESeq2
Abbiamo creato l'oggetto DESeq2 e ora vogliamo eseguire il controllo di qualità sui nostri campioni. Per farlo, dobbiamo generare i conteggi normalizzati (normalizzati per la dimensione della libreria, cioè il numero totale di conteggi genici per campione, tenendo conto anche della composizione della libreria). Per ottenere i conteggi normalizzati, usa l'oggetto DESeq2 e genera la matrice dei conteggi normalizzati.
Questo esercizio fa parte del corso
RNA-Seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
Stima i fattori di dimensione per i dati di conteggio di smoc2 usando la funzione
estimateSizeFactors()e salva il risultato nell'oggettodds_smoc2Estrai i valori dei conteggi normalizzati da
dds_smoc2e salvali comesmoc2_normalized_countsusando la funzionecounts().
esercizio interattivo pratico
Prova questo esercizio completando questo codice di esempio.
# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)
# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)