Esplorazione dei risultati DESeq2

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Per ridurre il numero di geni DE che restituiamo e diminuire la probabilità che i geni DE siano biologicamente significativi, useremo una piccola soglia di log2 fold change per determinare i geni DE.

Questo esercizio fa parte del corso

RNA-Seq con Bioconductor in R

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Istruzioni dell'esercizio

Estrai i risultati per smoc2 usando la funzione results(), come fatto in precedenza, con alpha pari a 0.05 e con normal come livello di base di condition. Questa volta però usa una soglia di log2 fold change di 0.32. Assumi che tutti i passaggi precedenti siano già stati eseguiti, inclusa la creazione dell'oggetto DESeq2 dds_smoc2 e l'esecuzione della funzione DESeq().
Applica lo shrinkage dei log2 fold change usando la funzione lfcShrink().

esercizio interattivo pratico

Prova questo esercizio completando questo codice di esempio.

# Explore the results() function
?results

# Extract results
smoc2_res <- ___(___, 
                contrast = ___, 
                alpha = ___, 
                lfcThreshold = ___)

# Shrink the log2 fold changes
smoc2_res <- ___(___, 
                    ___, 
                    res = ___)

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