Risultati significativi con DESeq2
NOTA: Il caricamento di questo esercizio potrebbe richiedere un po' più di tempo.
Ora estraiamo i risultati significativi! Supponi di avere già i risultati estratti dall'esercizio precedente, smoc2_res.
Questo esercizio fa parte del corso
RNA-Seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
Salva i risultati,
smoc2_res, come data frame usando la funzionedata.frame()sull'oggetto dei risultati.Estrai i geni significativi con valori p aggiustati minori di 0,05 (valore alpha) usando la funzione
subset().
esercizio interattivo pratico
Prova questo esercizio completando questo codice di esempio.
# Save results as a data frame
smoc2_res_all <- ___(___)
# Subset the results to only return the significant genes with p-adjusted values less than 0.05
smoc2_res_sig <- ___(___, ___ < ___)