Creare l'oggetto DE
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Usando i nostri campioni con overespressione di smoc2, crea l'oggetto DESeq2 in modo che la formula di disegno specifichi il confronto delle differenze di espressione tra i campioni fibrosis e normal. I metadati dell'esperimento sono mostrati qui sotto. Abbiamo già letto i dati con i campioni nello stesso ordine sia per i conteggi grezzi di smoc2, reordered_smoc2_rawcounts, sia per i metadati, smoc2_metadata.
Questo esercizio fa parte del corso
RNA-Seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
Crea un oggetto DESeq2 chiamato
dds_smoc2usando la funzioneDESeqDataSetFromMatrix()specificando gli argomenti:countData,colDataedesign.Esegui la funzione
DESeq()per stimare i fattori di dimensione, calcolare le dispersioni ed effettuare il fitting e il test del modello.
esercizio interattivo pratico
Prova questo esercizio completando questo codice di esempio.
# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
___ = ___,
___ = ~ condition)
# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)