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Modello DESeq2 - esplorare le dispersioni

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Dopo aver adattato il modello nell'esercizio precedente, esploriamo quanto bene i nostri dati smoc2 si adattano al modello binomiale negativo tracciando le stime di dispersione con la funzione plotDispEsts(). Ricorda che le stime di dispersione sono usate per modellare i conteggi grezzi; se le dispersioni non rispettano le assunzioni fatte da DESeq2, la variabilità nei dati potrebbe essere stimata male e i risultati di DE potrebbero essere meno accurati.

Le assunzioni che fa DESeq2 sono che, in generale, le dispersioni dovrebbero diminuire all'aumentare della media e dovrebbero seguire più o meno la linea adattata.

Questo esercizio fa parte del corso

RNA-Seq con Bioconductor in R

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Istruzioni dell'esercizio

  • Traccia le stime di dispersione per i dati smoc2 usando la funzione plotDispEsts(). Presumi che tutti i passaggi precedenti siano già stati eseguiti, inclusa la creazione dell'oggetto DESeq2 dds_smoc2 e l'esecuzione della funzione DESeq().

esercizio interattivo pratico

Prova questo esercizio completando questo codice di esempio.

# Plot dispersions
___(___)
Modifica ed esegui il codice