Modello DESeq2 - esplorare le dispersioni
NOTA: il caricamento di questo esercizio potrebbe richiedere un po' più di tempo.
Dopo aver adattato il modello nell'esercizio precedente, esploriamo quanto bene i nostri dati smoc2 si adattano al modello binomiale negativo tracciando le stime di dispersione con la funzione plotDispEsts(). Ricorda che le stime di dispersione sono usate per modellare i conteggi grezzi; se le dispersioni non rispettano le assunzioni fatte da DESeq2, la variabilità nei dati potrebbe essere stimata male e i risultati di DE potrebbero essere meno accurati.
Le assunzioni che fa DESeq2 sono che, in generale, le dispersioni dovrebbero diminuire all'aumentare della media e dovrebbero seguire più o meno la linea adattata.
Questo esercizio fa parte del corso
RNA-Seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Traccia le stime di dispersione per i dati
smoc2usando la funzioneplotDispEsts(). Presumi che tutti i passaggi precedenti siano già stati eseguiti, inclusa la creazione dell'oggetto DESeq2dds_smoc2e l'esecuzione della funzioneDESeq().
esercizio interattivo pratico
Prova questo esercizio completando questo codice di esempio.
# Plot dispersions
___(___)