Modello DESeq2 - estrazione dei risultati

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Dopo aver esplorato le dispersioni e aver stabilito che i dati si adattano bene al modello DESeq2, vogliamo estrarre i risultati.

Assumi che tutti i passaggi precedenti siano stati eseguiti, inclusa la creazione dell'oggetto DESeq2, dds_smoc2, e l'esecuzione della funzione DESeq().

Questo esercizio fa parte del corso

RNA-Seq con Bioconductor in R

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Istruzioni dell'esercizio

Usa la funzione results() per specificare il contrasto del confronto impostando alpha a 0.05. Per la condizione di interesse, condition, restituisci i risultati per il gruppo campione fibrosis rispetto al gruppo campione normal, in modo che il gruppo campione normal sia il livello di base.

esercizio interattivo pratico

Prova questo esercizio completando questo codice di esempio.

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)

Modifica ed esegui il codice