RNA-Seq DE analysis - pianificazione sperimentale

La chiave per un'analisi di espressione differenziale RNA-Seq di successo è una buona pianificazione sperimentale. Per evitare gli effetti di batch e separare le fonti note di variazione tra i gruppi di campioni, scegliamo il modo migliore di distribuire i campioni nei batch per il nostro esperimento RNA-Seq pianificato.

I nostri metadati contengono informazioni sui campioni, tra cui:

• sample: nome del campione
• treatment: A o B
• sex: M o F
• replicate: 1, 2, 3, 4

A causa della lunga procedura di estrazione del tessuto, puoi isolare l'RNA solo da 4 campioni alla volta e abbiamo 4 repliche biologiche per gruppo. Quale delle seguenti opzioni rappresenta il modo migliore di organizzare in batch i campioni per RNA Isolation per evitare effetti di batch:

• Option A:

• Option B:

• Option C:

• Option D: