Risultati DESeq2 - Riduzione degli LFC
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Per migliorare le stime del fold change nei nostri dati, vogliamo prendere i risultati e ridurre i log2 fold change usando la funzione lfcShrink().
Supponi che tutti i passaggi precedenti siano già stati eseguiti, inclusa la creazione dell'oggetto DESeq2, dds_smoc2, l'esecuzione della funzione DESeq() e l'estrazione dei risultati, smoc2_res.
Questo esercizio fa parte del corso
RNA-Seq con Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Esegui la riduzione dei log2 fold change usando la funzione
lfcShrink().
esercizio interattivo pratico
Prova questo esercizio completando questo codice di esempio.
# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___,
contrast = c(___, ___, ___),
res = ___)