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DESeq2 के साथ काउंट्स को normalize करना

हमने DESeq2 ऑब्जेक्ट बना लिया है और अब हम अपने सैंपल्स पर क्वालिटी कंट्रोल करना चाहते हैं। इसके लिए हमें normalized काउंट्स जनरेट करने हैं (लाइब्रेरी साइज के अनुसार normalized — यानी प्रति सैंपल कुल जीन काउंट — और लाइब्रेरी composition को ध्यान में रखते हुए)। Normalized काउंट्स प्राप्त करने के लिए, DESeq2 ऑब्जेक्ट का उपयोग करके normalized काउंट्स मैट्रिक्स जनरेट कीजिए।

यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में Bioconductor के साथ RNA-Seq

पाठ्यक्रम देखें

अभ्यास निर्देश

  • estimateSizeFactors() फंक्शन का उपयोग करके smoc2 काउंट डेटा के लिए size factors का अनुमान लगाइए और परिणाम dds_smoc2 ऑब्जेक्ट में ही सेव कीजिए।

  • dds_smoc2 से normalized काउंट वैल्यूज़ निकालिए और counts() फंक्शन का उपयोग करके उन्हें smoc2_normalized_counts के रूप में सेव कीजिए।

इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास

इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।

# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)

# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)
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