DESeq2 मॉडल - डिस्पर्शन

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यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में Bioconductor के साथ RNA-Seq

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4.7+

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इस अध्याय में हम देखते हैं कि RNA-Seq डेटा से क्या-क्या किया जा सकता है और यह क्यों रोचक है। आप RNA-Seq वर्कफ़्लो के चरणों और उनसे जुड़ी बातों के बारे में जानेंगे।

Exercise 1: RNA-Seq परिचय Exercise 2: मुख्य अवधारणाएँ Exercise 3: RNA-Seq पैकेजेस Exercise 4: RNA-Seq वर्कफ़्लो Exercise 5: रीड एलाइनमेंट्स Exercise 6: रॉ काउंट मैट्रिक्स की जाँच-पड़ताल Exercise 7: डिफरेंशियल जीन एक्सप्रेशन का अवलोकन Exercise 8: DGE सिद्धांत Exercise 9: DGE थ्योरी: मेटाडेटा

इस अध्याय में, हम हीटमैप्स और प्रिंसिपल कंपोनेंट एनालिसिस का उपयोग करके RNA-Seq काउंट डेटा पर क्वालिटी कंट्रोल करते हैं। हम सैंपल्स के बीच समानता की जाँच करते हैं और यह तय करते हैं कि कोई सैंपल आउट्लायर तो नहीं है।

Exercise 1: Differential expression analysis का परिचय Exercise 2: DESeq2 विन्येट के साथ अभ्यास Exercise 3: DESeq2 के लिए डेटा व्यवस्थित करना Exercise 4: मेटाडेटा और काउंट्स डेटा का मिलान Exercise 5: काउंट नॉर्मलाइज़ेशन Exercise 6: DESeq2 के साथ काउंट्स को normalize करना Exercise 7: हाइरार्किकल हीटमैप Exercise 8: कंडीशन के आधार पर हाइरार्किकल हीटमैप Exercise 9: हाइरार्किकल हीटमैप विश्लेषण Exercise 10: Principal component analysis Exercise 11: PCA विश्लेषण Exercise 12: PCA अभ्यास: विविधताओं की पड़ताल Exercise 13: PCA अभ्यास: अतिरिक्त विविधताओं की जाँच

इस अध्याय में, हम डिफरेंशियल एक्सप्रेशन विश्लेषण चलाते हैं, परिणाम जनरेट करते हैं, और डिफरेंशियली एक्सप्रेस्ड जीन की पहचान करते हैं।

Exercise 1: DE विश्लेषण Exercise 2: DE ऑब्जेक्ट बनाना Exercise 3: DESeq2 मॉडल - डिस्पर्शन

वर्तमान अभ्यास

Exercise 4: DESeq2 मॉडल - डिस्पर्शन की जाँच Exercise 5: डिस्पर्शन प्लॉट की व्याख्या Exercise 6: DESeq2 मॉडल - कॉन्ट्रास्ट्स Exercise 7: DESeq2 मॉडल - परिणाम निकालना Exercise 8: DESeq2 परिणाम - LFC श्रिंकेज Exercise 9: DESeq2 परिणाम Exercise 10: DESeq2 परिणामों की जाँच Exercise 11: DESeq2 के परिणामों का सारांश Exercise 12: DESeq2 के महत्वपूर्ण परिणाम

अंतिम अध्याय में हम हीटमैप्स और वोल्कैनो प्लॉट्स जैसे विज़ुअलाइज़ेशन की मदद से डिफरेंशियल एक्सप्रेशन के परिणामों की जाँच करते हैं। हम विश्लेषण के चरणों की समीक्षा भी करते हैं और DESeq2 के साथ डिफरेंशियल एक्सप्रेशन वर्कफ़्लो का सार प्रस्तुत करते हैं।

Exercise 1: परिणामों का विज़ुअलाइज़ेशन Exercise 2: DESeq2 विज़ुअलाइज़ेशन — MA और वॉल्कैनो प्लॉट्स Exercise 3: DESeq2 विज़ुअलाइज़ेशन - हीटमैप Exercise 4: RNA-Seq DE विश्लेषण सारांश - सेटअप Exercise 5: RNA-Seq DE analysis - प्रायोगिक योजना Exercise 6: RNA-Seq DE वर्कफ़्लो सारांश Exercise 7: RNA-Seq DE विश्लेषण सारांश Exercise 8: DE विश्लेषण Exercise 9: DE विश्लेषण के परिणाम Exercise 10: RNA-Seq के अगले कदम