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DE ऑब्जेक्ट बनाना

नोट: इस अभ्यास को लोड होने में सामान्य से थोड़ा अधिक समय लग सकता है.

हमारे smoc2 ओवरएक्सप्रेशन सैंपल्स का उपयोग करते हुए, ऐसा DESeq2 ऑब्जेक्ट बनाएँ जिसमें डिज़ाइन फ़ॉर्मूला फाइब्रोसिस और नॉर्मल सैंपल्स के बीच अभिव्यक्ति (expression) के अंतर की तुलना को निर्दिष्ट करे। प्रयोग का मेटाडेटा नीचे दिखाया गया है। हमारे पास smoc2 रॉ काउंट्स reordered_smoc2_rawcounts और मेटाडेटा smoc2_metadata दोनों के लिए सैंपल्स एक ही क्रम में रीड किए गए हैं।

smoc2 metadata

यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में Bioconductor के साथ RNA-Seq

पाठ्यक्रम देखें

अभ्यास निर्देश

  • DESeqDataSetFromMatrix() फंक्शन का उपयोग करके dds_smoc2 नाम का DESeq2 ऑब्जेक्ट बनाएँ, और countData, colData, तथा design आर्ग्युमेंट्स निर्दिष्ट करें।

  • DESeq() फंक्शन चलाएँ ताकि size factors का अनुमान लगाया जा सके, dispersions की गणना हो, और मॉडल फिटिंग व टेस्टिंग पूरी हो.

इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास

इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।

# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
                 ___ = ___,
                 ___ = ~ condition)

# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)
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