RNA-Seq DE analysis - प्रायोगिक योजना

सफल RNA-Seq differential expression analysis की कुंजी अच्छी प्रायोगिक योजना है। batch effects से बचने और सैंपल समूहों के बीच हमारी ज्ञात variability के स्रोतों को अलग रखने के बारे में सोचने में मदद के लिए, हम अपने नियोजित RNA-Seq प्रयोग के लिए सैंपल को batch करने का सबसे अच्छा तरीका चुनेंगे.

हमारे मेटाडेटा में हमारे सैंपल के बारे में जानकारी शामिल है:

• sample: सैंपल का नाम
• treatment: A या B
• sex: M या F
• replicate: 1, 2, 3, 4

टिश्यू एक्सट्रैक्शन की लंबी प्रक्रिया के कारण, आप एक समय में केवल 4 सैंपलों से ही RNA isolate कर सकते हैं, और हमारे पास प्रति समूह 4 biological replicates हैं। निम्न में से कौन-सा RNA Isolation के लिए सैंपलों को batch करने का सबसे अच्छा तरीका देता है ताकि batch effects से बचा जा सके:

• Option A:

• Option B:

• Option C:

• Option D: