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DESeq2 परिणाम - LFC श्रिंकेज

नोट: इस अभ्यास को लोड होने में थोड़ा अधिक समय लग सकता है.

हमारे डेटा के fold change अनुमानों को बेहतर बनाने के लिए, हम अपने results लेकर lfcShrink() फंक्शन की मदद से log2 fold changes को shrink करना चाहते हैं।

मान लीजिए कि सभी पहले के चरण चलाए जा चुके हैं, जिनमें DESeq2 ऑब्जेक्ट dds_smoc2 बनाना, DESeq() फंक्शन चलाना, और results smoc2_res निकालना शामिल है.

यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में Bioconductor के साथ RNA-Seq

पाठ्यक्रम देखें

अभ्यास निर्देश

  • lfcShrink() फंक्शन का उपयोग करके log2 foldchanges का shrinkage कीजिए.

इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास

इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।

# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___, 
                    contrast =  c(___, ___, ___),
                    res = ___)
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