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DESeq2 मॉडल - परिणाम निकालना

नोट: इस अभ्यास को लोड होने में सामान्य से थोड़ा अधिक समय लग सकता है.

डिस्पर्शन की जाँच करने और यह तय करने के बाद कि डेटा DESeq2 मॉडल पर ठीक से फिट होता है, हम परिणाम निकालना चाहते हैं.

मान लीजिए कि सभी पिछले स्टेप पूरे कर दिए गए हैं, जिनमें DESeq2 ऑब्जेक्ट dds_smoc2 बनाना और DESeq() फंक्शन चलाना शामिल है.

यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में Bioconductor के साथ RNA-Seq

पाठ्यक्रम देखें

अभ्यास निर्देश

  • results() फंक्शन का उपयोग करके तुलना के लिए कॉन्ट्रास्ट निर्दिष्ट कीजिए और alpha 0.05 रखिए. रुचि की कंडीशन condition के लिए, normal सैंपल ग्रुप को base level मानते हुए, fibrosis सैंपल ग्रुप के सापेक्ष परिणाम आउटपुट कीजिए.

इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास

इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)
कोड संपादित करें और चलाएँ