DESeq2 मॉडल - डिस्पर्शन की जाँच
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पिछले अभ्यास में मॉडल फिट करने के बाद, अब plotDispEsts() फंक्शन का उपयोग करके डिस्पर्शन एस्टिमेट्स प्लॉट करके देखते हैं कि हमारा smoc2 डेटा नेगेटिव बायनॉमियल मॉडल में कितना अच्छा फिट होता है। याद रखिए, डिस्पर्शन एस्टिमेट्स का उपयोग रॉ काउंट्स को मॉडल करने के लिए किया जाता है; यदि डिस्पर्शन DESeq2 की मान्यताओं का पालन नहीं करते, तो डेटा में विविधता का अनुमान खराब हो सकता है और DE के परिणाम कम सटीक हो सकते हैं।
DESeq2 की मान्यताएँ हैं कि औसत के बढ़ने पर डिस्पर्शन सामान्यतः घटने चाहिए और वे मोटे तौर पर फिट की गई रेखा का अनुसरण करें।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ RNA-Seq
अभ्यास निर्देश
plotDispEsts()फंक्शन का उपयोग करकेsmoc2डेटा के लिए डिस्पर्शन एस्टिमेट्स प्लॉट करें। मान लें कि सभी पूर्ववर्ती स्टेप्स चलाए जा चुके हैं, जिनमें DESeq2 ऑब्जेक्टdds_smoc2बनाना औरDESeq()फंक्शन चलाना शामिल है.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Plot dispersions
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