Calculer la courbe de survie à partir d’un modèle de Cox
Dans cet exercice, nous allons reproduire l’exemple de la vidéo en suivant les étapes :
- Calculer le modèle de Cox
- Définir des « patients imaginaires »
- Calculer les courbes de survie
- Créer un
data.frameavec les informations de la courbe de survie - Tracer
Nous allons nous concentrer maintenant sur les trois premières étapes et réaliser les deux suivantes dans l’exercice à venir.
Les packages survival et survminer ainsi que les données GBSG2 sont déjà chargés pour vous dans cet exercice.
Cet exercice fait partie du cours
Analyse de survie en R
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Cox model
cxmod <- ___(Surv(time, cens) ~ horTh + tsize, data = GBSG2)
# Imaginary patients
newdat <- expand.grid(
horTh = levels(GBSG2$___),
tsize = quantile(GBSG2$___, probs = c(0.25, 0.5, 0.75)))
___(newdat) <- letters[1:6]
# Inspect newdat
newdat