Estimer et visualiser une courbe de survie
Examinons la survie des patientes atteintes d’un cancer du sein.
Dans cet exercice, nous utilisons à nouveau le jeu de données GBSG2.
Les packages survival et survminer ainsi que les données GBSG2 sont déjà chargés pour vous dans cet exercice.
Cet exercice fait partie du cours
Analyse de survie en R
Instructions
- Estimez une fonction de survie pour les patientes atteintes d’un cancer du sein.
- Visualisez la fonction de survie estimée avec la fonction
ggsurvplot(). - Ajoutez un tableau des risques au graphique indiquant le nombre de patientes sous observation. Cela peut se faire à l’aide de l’argument
risk.table. - Ajoutez au graphique une ligne indiquant la médiane du temps de survie. Cela peut se faire à l’aide de l’argument
surv.median.line.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Kaplan-Meier estimate
km <- survfit(Surv(___, ___) ~ ___, data = ___)
# Plot of the Kaplan-Meier estimate
ggsurvplot(___)
# Add the risk table to plot
ggsurvplot(___, ___ = TRUE)
# Add a line showing the median survival time
ggsurvplot(___, ___ = TRUE, ___ = "hv")