Estimer la survie médiane avec un modèle de Weibull
Nous pouvons maintenant estimer la survie des patientes atteintes d’un cancer du sein dans les données GBSG2 à l’aide d’un modèle de Weibull (fonction survreg()).
Rappelez-vous : le modèle de Weibull estime une fonction de survie lisse, contrairement à la fonction en escalier estimée par la méthode de Kaplan-Meier.
La fonction predict() avec type = "quantile" permet de calculer les quantiles de la fonction de répartition.
Nous allons l’utiliser pour calculer la survie médiane.
Le package survival et les données GBSG2 sont déjà chargés pour vous dans cet exercice.
Cet exercice fait partie du cours
Analyse de survie en R
Instructions
- Estimez un modèle de Weibull pour les patientes atteintes d’un cancer du sein.
- Calculez la survie médiane à partir de ce modèle avec la fonction
predict()ettype = "quantile".
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Weibull model
wb <- ___(Surv(time, cens) ~ 1, data = GBSG2)
# Compute the median survival from the model
predict(wb, type = "quantile", p = ___, newdata = data.frame(1))