Das Herz segmentieren
In diesem Kapitel arbeiten wir mit Bilddaten aus der Magnetresonanztomographie (MR) aus dem Sunnybrook Cardiac Dataset. Das vollständige Bild ist eine 3D-Zeitreihe, die einen einzelnen Herzschlag abdeckt. Diese Daten werden von Radiologinnen und Radiologen verwendet, um die Ejektionsfraktion zu messen: den Anteil des Blutes, der bei jedem Schlag aus dem linken Ventrikel ausgeworfen wird.
Beginne damit, den linken Ventrikel aus einem einzelnen Schnitt des Volumens (im) zu segmentieren. Zuerst filterst und maskierst du das Bild; anschließend beschriftest du jedes Objekt mit ndi.label().
Die Übungen in diesem Kapitel verwenden folgende Importe:
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>Biomedizinische Bildanalyse mit Python</Kurs>Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Smooth intensity values
im_filt = ____
# Select high-intensity pixels
mask_start = np.where(____, 1, 0)
mask = ____
# Label the objects in "mask"
labels, nlabels = ____
print('Num. Labels:', ____)