Verschiebungen
In diesem Kapitel nutzen wir Daten aus der Open Access Series of Imaging Studies, um die Gehirne verschiedener Gruppen zu vergleichen: jung und alt, männlich und weiblich, gesund und erkrankt.
Zum Einstieg zentrierst du einen einzelnen Schnitt eines 3D-Gehirnvolumens (im). Finde zuerst den Mittelpunkt im Bildarray und den Schwerpunkt des Gehirns. Verschiebe dann das Bild in die Mitte.
Für die Aufgaben in diesem Kapitel wurden folgende Imports bereits ausgeführt:
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>Biomedizinische Bildanalyse mit Python</Kurs>Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Find image center of mass
com = ____
# Calculate amount of shift needed
d0 = 128 - _____
d1 = ____
# Translate the brain towards the center
xfm = ndi.shift(____, shift=____)