Sestavení datasetu NHANES

Datasety NHANES, stažené z webu NHANES, jsou dostupné pouze jako samostatné soubory .XPT — nativní formát SAS. Naštěstí tu máme balíček haven.

Spojíme datasety NHANES Demographics, Medical Conditions a Body Measures, které jsou k dispozici v surovém formátu .XPT a přístupné přes proměnné DEMO_file, MCQ_file a BMX_file. Všechny 3 datasety propoj pomocí proměnné SEQN. Skvělou volbou je funkce Reduce(), která ti umožní prvky snadno zkombinovat.

Připravený kód pro spojení datasetů dělá následující:

Vytvoří seznam všech 3 datasetů (nhanes_demo, nhanes_medical, nhanes_bodymeasures).
Pomocí vlastní funkce uvnitř Reduce() provede inner join všech 3 datasetů podle proměnné "SEQN".
Výsledek uloží jako dataset nhanes_combined.

Toto cvičení je součástí kurzu

Experimental Design in R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Načti balíček haven.
Importuj tři datové soubory pomocí samostatných volání funkce read_xpt(), kde vstupy těchto 3 volání jsou DEMO_file, MCQ_file a BMX_file, a ulož je jako datasety nhanes_demo, nhanes_medical a nhanes_bodymeasures.
Vytvoř dataset nhanes_combined sloučením 3 právě importovaných datasetů pomocí připraveného kódu.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Load haven
___

# Import the three datasets using read_xpt()
nhanes_demo <- read_xpt(DEMO_file)
___
___

# Merge the 3 datasets you just created to create nhanes_combined
nhanes_combined <- list(nhanes_demo, nhanes_medical, nhanes_bodymeasures) %>%
  Reduce(function(df1, df2) inner_join(df1, df2, by = "SEQN"), .)

Upravit a spustit kód