BIBD – funkce ledvin u koček
Abychom si opravdu ověřili, jak BIBD vypadá v praxi, sestavíme datovou sadu od základu.
Představme si, že chceme otestovat vliv čtyř různých druhů mokré krmiva na funkci ledvin koček. Krmivo je ale drahé, takže kvůli úspoře nákladů otestujeme v každém bloku pouze 3 druhy. Blokovacím faktorem je color (barva srsti kočky), protože tato proměnná nás v rámci experimentu nezajímá. Výslednou proměnnou bude naměřená hladina kreatininu v krvi – ukazatel funkce a dysfunkce ledvin u koček i u lidí.
Toto cvičení je součástí kurzu
Experimental Design in R
Pokyny k cvičení
- Pro tento příklad je načtena vlastní funkce
lambda(). Vypočítejlambdas hodnotamit= 4,k= 3 ar= 3 a ověř, že je BIBD realizovatelný. - Spusť kód pro sestavení datové sady. Uvidíš pořadí, v jakém jsou ošetření použita v jednotlivých blocích.
- Vytvoř model
cat_modelpomocíaov()podle popisu experimentu výše a prohlédni si výsledky funkcísummary(). Má typ mokrého krmiva vliv na hladinu kreatininu?
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Calculate lambda
___
# Build the data.frame
creatinine <- c(1.98, 1.97, 2.35, 2.09, 1.87, 1.95, 2.08, 2.01, 1.84, 2.06, 1.97, 2.22)
food <- as.factor(c("A", "C", "D", "A", "B", "C", "B", "C", "D", "A", "B", "D"))
color <- as.factor(rep(c("Black", "White", "Orange", "Spotted"), each = 3))
cat_experiment <- as.data.frame(cbind(creatinine, food, color))
# Create cat_model and examine with summary()
___ <- ___ (___ ~ ___ + color, data = ___)
___