对酵母基因组进行区段切分
基因组通常很大,但研究兴趣往往集中在特定区域。因此,我们需要通过提取其中的部分来对基因组进行子集化。要选择一个序列区间,请使用 getSeq(),并指定染色体名称以及该区间的起始和结束位置。
下面的示例将选取 "chrI" 上从 100 到 150 的碱基:
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
注意:names 是可选参数;如果不指定,将返回所有染色体。参数 start 和 end 也都是可选的;如果不指定,将分别采用默认值 1 和该序列的长度。
本练习是课程的一部分
R 中的 Bioconductor 入门
练习说明
- 使用
getSeq()获取yeastGenome对象中 M 染色体("chrM")的前 30 个碱基。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
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