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对酵母基因组进行区段切分

基因组通常很大,但研究兴趣往往集中在特定区域。因此,我们需要通过提取其中的部分来对基因组进行子集化。要选择一个序列区间,请使用 getSeq(),并指定染色体名称以及该区间的起始和结束位置。

下面的示例将选取 "chrI" 上从 100150 的碱基:

getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)

注意:names 是可选参数;如果不指定,将返回所有染色体。参数 startend 也都是可选的;如果不指定,将分别采用默认值 1 和该序列的长度。

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练习说明

  • 使用 getSeq() 获取 yeastGenome 对象中 M 染色体("chrM")的前 30 个碱基。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)

# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3

# Get the first 30 bases of chrM
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