这张图是根据完整 fastq 文件中的碱基质量编码为您生成的。该文件使用 Illumina 编码。 最大编码为 I，对应分数 40。高质量编码的分数为 33 或更高，换句话说，即 B 或更高。
fastq
I
B
您可以在此处查看 Illumina 的编码细节：here。
本练习是课程的一部分
通过我们的互动练习之一，将理论转化为实践
在本章中，您将上手使用 Bioconductor。Bioconductor 是由 R 社区开发和维护的生物信息学软件专用仓库。您将学习如何安装和使用 Bioconductor 包。由于 Bioconductor 中的大多数包都继承自 S4，您还会接触 S4 对象与函数。此外，您将使用一种真菌的真实基因组数据集来探索 BSgenome 包。
Biostrings 是内存高效的字符串容器。Biostrings 提供匹配算法与其他工具，可对大型生物序列或序列集进行快速处理。为序列选择合适的容器，效率能提升到什么程度？您将借助一种病毒的微小基因组，学习字母表与序列操作。
IRanges 和 GenomicRanges 也是用于存储与操作基因组区间及沿基因组定义变量的容器。由于其强大的功能，这些包为许多其他 Bioconductor 包提供基础设施与支持。您将学习如何使用这些容器及其关联的元数据来操作您的序列。您将查看的数据集来自人类基因组中的一个重点关注基因。
ShortRead 是用于读取、处理与评估 fasta 和 fastq 文件的包。您可以对子序列进行子集化、裁剪和过滤，甚至生成质量报告。在最后的练习中还有额外加分内容：使用 Rqc 进行并行质量评估。更有趣的是，您将以植物基因组序列为素材！
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