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GenomicRanges 访问器

在上一个练习中,您从一个包含基本信息的数据框创建了一个 GRanges 对象。您会发现 GRanges 能存储的内容远不止这些!

请使用访问器方法来探索 GRanges 对象 myGR。您可以从 GRanges 对象中提取多种特征,例如染色体名称、序列数量、每个序列的名称、链信息、得分、长度等。

以下是 GRanges 的基本访问器:

seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)

如需完整的访问器列表,您可以查看 methods(class = "GRanges")

本练习是课程的一部分

R 中的 Bioconductor 入门

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练习说明

  • 获取 myGR 的序列信息。
  • 使用 mcols() 查看元数据。

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Load GenomicRanges
library(___)

# Print the seqinfo of myGR
___

# Check the metadata
___
编辑并运行代码