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构建 IRanges

在视频中,您已经看到了一些 IRanges 构造函数的示例。现在请您练习使用不同参数创建序列区间,并观察这些参数如何被复用或互相补充。

使用 IRanges() 函数,您可以指定 startendwidth 等参数。这些输入参数可分为两类:

  • startendwidth 是数值向量。
  • start 参数是逻辑向量。

缺失的参数将通过等式 width = end - start + 1 来推导。

IRanges() 构造函数表明所有参数都是可选的,默认值为 NULL:

IRanges(start = NULL, end = NULL, width = NULL, names = NULL)

本练习是课程的一部分

R 中的 Bioconductor 入门

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练习说明

使用下列参数构建三个 IRanges 对象:

  • IRnum1start 等于取值 1 到 5 的向量,end 等于 100。
  • IRnum2end 等于 100,width 同时等于 89 和 10。
  • IRlog1start 等于 Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T))
  • 打印这些对象并查看结果!

交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Load IRanges package
library(___)

# IRnum1: start - vector 1 through 5, end - 100  
IRnum1 <- ___

# IRnum2: end - 100, width - 89 and 10
IRnum2 <- ___

# IRlog1: start = Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)))
IRlog1 <- IRanges(___ = Rle(___))

# Print objects in a list
print(list(IRnum1 = IRnum1, IRnum2 = IRnum2, IRlog1 = IRlog1))
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