随取随筛:即时过滤 reads!
如果一个文件里有很多 reads,而您只对其中一部分感兴趣,该怎么办?可以使用过滤器!
例如,您只关心以模式 "ATGCA" 开头的 reads。一个小型过滤函数就能完成这项工作,并用到 srFilter() 函数:
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
这个函数(已为您创建)将一个 ShortRead 衍生对象作为输入,并输出所有以 "ATGCA" 开头的 reads。现在就来使用它吧!
本练习是课程的一部分
R 中的 Bioconductor 入门
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___