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随取随筛:即时过滤 reads!

如果一个文件里有很多 reads,而您只对其中一部分感兴趣,该怎么办?可以使用过滤器!

例如,您只关心以模式 "ATGCA" 开头的 reads。一个小型过滤函数就能完成这项工作,并用到 srFilter() 函数:

myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")

这个函数(已为您创建)将一个 ShortRead 衍生对象作为输入,并输出所有以 "ATGCA" 开头的 reads。现在就来使用它吧!

本练习是课程的一部分

R 中的 Bioconductor 入门

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交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Load package ShortRead
library(ShortRead)

# Check class of fqsample
___

# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]

# Check class of selectedReads
___
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