探索序列质量
现在轮到您对 fqsample 进行质量控制检查。这是在开展后续分析前的重要一步,可快速发现数据问题。
要查看 quality() 中每个字符的编码值,请使用 encoding():
encoding(quality(fqsample))
要获取质量评估(QA)摘要,请使用 qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
这个 qaSummary 已为您创建好。可以用 qaSummary[["nameElement"]] 访问 QA 的各元素,其中 nameElement 是您想查看的元素名称。
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