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探索序列质量

现在轮到您对 fqsample 进行质量控制检查。这是在开展后续分析前的重要一步,可快速发现数据问题。

要查看 quality() 中每个字符的编码值,请使用 encoding()

encoding(quality(fqsample))

要获取质量评估(QA)摘要,请使用 qa()

qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)

这个 qaSummary 已为您创建好。可以用 qaSummary[["nameElement"]] 访问 QA 的各元素,其中 nameElement 是您想查看的元素名称。

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R 中的 Bioconductor 入门

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交互式实操练习

通过完成这段示例代码来试试这个练习。

# Load ShortRead
library(___)

# Check quality
___(___)
编辑并运行代码