更多过滤!
太好了!既然您已经练习过对 reads 进行过滤,现在来使用函数 polynFilter()。该函数会选择重复核苷酸数目少于给定阈值的 reads。例如,polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) 将选择所有包含少于 20 个 A 的 reads。参数 nuc 是一个字符向量,包含核苷酸的 IUPAC 符号,或取值 "other" 表示所有非核苷酸符号。
工作区中已提供对象 fqsample。
本练习是课程的一部分
R 中的 Bioconductor 入门
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil