常用序列操作函数
到目前为止,您已经学习了最常用的序列操作函数:
reverse()
complement()
reverseComplement()
translate()
在实际工作中,您可以用这些函数处理非常大的序列。
不过,为了在本练习中直观看到这些函数的作用和结果,您将使用一个更小的子集。对象 zikv 是您之前从 Zika 基因组中取出的片段,只有 30 个碱基。
本练习是课程的一部分
R 中的 Bioconductor 入门
练习说明
使用 zikv 测试这些函数:
- 反转该序列。
- 计算该序列的互补序列。
- 计算该序列的反向互补序列。
- 翻译该序列。
交互式实操练习
通过完成这段示例代码来试试这个练习。
# Reverse the zikv sequence
reverse(___)
# Complement the zikv sequence
___
# Reverse complement the zikv sequence
___
# Translate the zikv sequence
___